随着麻风病被基本消灭，麻风病工作也在日趋减少，最后专门设立了防治科，全面负责全市的麻风病防治工作。

防治科主要根据《福建省麻风病防治管理方案》的要求，结合莆田市麻风防治的新形势、新问题，以及疫情的动态，把以早期发现、早期诊断、早期治疗、早期康复以及消除传染为重点，积极治疗现症病人，及时治疗麻风反应和神经炎，防止畸残的目标，为有效控制麻风病的流行、保护人民健康、促进社会和谐发展，全面落实麻风防治的各项措施，坚持把消灭麻风病作为主要任务来抓。

    同时，防治科还进行一些常见皮肤病的诊疗工作，如荨麻疹、湿疹、手足癣、痤疮、带状疱疹等，以及白癜风、银屑病、红斑狼疮、皮肌炎、天疱疮等疑难性皮肤病的诊疗工作。防治科还负责监测性病流行，预防职业、化妆品等不良反应，将防治疾病及保护人民健康作为首要目标。